Le Massacre de la Saint-Barthélemy , d'après François Dubois

Les règnes des trois fils d'Henri II, François II (1559-1560), Charles IX (1560-1574) et Henri III (1574-1589) sont marqués par les Guerres de religion entre protestants et catholiques. La Réforme s'est progressivement répandue en France à partir de 1520, au point qu'en 1562, date du début des huit guerres de religion, un dixième de la population était devenue protestante.
La guerre civile est une grande menace pour l'unité territoriale. Les protestants et les ligueurs font des promesses aux souverains étrangers pour obtenir leur aide. Par exemple, les réformés promettent à l'Elisabeth Ière d'Angleterre de lui restituer le Calaisis en échange de son intervention.
De plus les troubles permettent chacun des partis en présence de s'arroger des parcelles du pouvoir régalien.
Les princes catholiques sont tout puissants dans les régions dont ils ont obtenu le gouvernement comme les Guise en Bourgogne, les Montmorency en Languedoc. L'édit de Beaulieu de 1576 permet aux protestants célébrer leur culte publiquement partout sauf à Paris. Ils peuvent occuper huit places fortes et bénéficient de chambres mi-partie dans les parlements. Ils constituent alors un véritable État huguenot dans l'État. L'édit de Nantes de 1598 ne revient qu'en partie sur ses privilèges.
À la mort d'Henri III, assassiné par un moine fanatique, et faute d'héritier, le trône passe à une branche cadette, les Bourbons, en la personne d'Henri IV, auparavant roi de Navarre. Mais celui-ci étant protestant, il n'est pas reconnu par les ultra-catholiques de la Ligue. Il lui faut reconquérir son royaume et se convertir au catholicisme, ce qu'il fait en 1593. Une fois son pouvoir consolidé, Henri IV met un terme aux Guerres de religion en promulguant l'édit de Nantes de 1598. Aidé de son ministre Sully, Henri IV tâche de remettre sur pied le royaume durement éprouvé par les Guerres de religion.
Lorsque Henri IV est assassiné par Ravaillac, un catholique fanatique en 1610, il lègue à son fils Louis XIII un royaume considérablement renforcé.

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